シングルセル遺伝子発現 (Single Cell Gene Expression (3′))

シングルセル 3’RNA-seq解析では個々の細胞にそれぞれ異なるバーコードを付与することで、細胞ごとの遺伝子発現を調べることができます。標準的なRNA-Seqでは全細胞における平均的な遺伝子発現を検出するのに対し、シングルセル 3’RNA-seqでは、細胞ごとのmRNA遺伝子発現を高感度に検出することが可能です。

シングルセル遺伝子発現 (Single Cell Gene Expression (3′))

2024.6 GEM-Xに対応したサービスを開始しました。

シングルセル遺伝子発現では個々の細胞にそれぞれ異なるバーコードを付与することで、細胞ごとの遺伝子発現を調べることができます。標準的なRNA-Seqでは全細胞における平均的な遺伝子発現を検出するのに対し、シングルセル遺伝子発現では、細胞ごとのmRNA遺伝子発現を高感度に検出することが可能です。

シングルセルRNA-seqの特徴

  • 同一細胞内のmRNA発現を同定可能
  • 希少な細胞種やmRNA発現を検出
  • 細胞の不均一性を解析

解析可能なサンプル

サンプル 凍結細胞
(凍結していない生細胞についても出張にて対応が可能です)
動物種 全生物種
(植物等の細胞壁を有する生物種は細胞壁を除きプロトプラストにする必要があります)
解析メカニズム Poly dTで3’末端側からキャプチャーしライブラリを作製します。

サンプル受け入れ条件

凍結細胞からの調製の場合、以下の条件を満たすサンプルのみ受け入れ可能です。

  • 細胞が単離された状態で凍結されている
  • 細胞数100万細胞以上
  • (凍結融解後)生存率80%以上
  • 細胞サイズは直径30μm以下
  • (ヒト生体試料・臨床検体の場合) 情報が匿名化されている

※受入れ条件を満たさない場合もご相談ください

  • 凍結すると生存率が下がる
  • 細胞数が少ない

部分的な委託について

組み合わせ方を自由に、必要な工程だけをご依頼いただくことも可能です。

「サンプル調製からライブラリ作製まで」「cDNA合成後から」「シーケンスのみ」など、工程の一部のみの受託も承っております。

オプションについて

出張実験対応:出張で新鮮細胞から対応できます

細胞数が少ない場合や凍結すると生存率が低くなる場合、Chromium X/iX を研究室に持ち込み、新鮮細胞からシングルセル化を行います。(別途オプション価格+交通費実費がかかります。)

サンプル混合(hashtag抗体:オプション)

  • 複数サンプルを混ぜて解析することが可能です。
  • 下のマーカーが発現している細胞であれば、DNAバーコードのついたHashtag抗体(BioLegend社 Totalseq-BまたはC抗体)を結合させ、解析時にサンプルごとに分離できます。
    • ヒト:CD298 または β2ミクログロブリン
    • マウス:CD45 または H-2 MHCクラスI 
  • 複数サンプルを混合すると、1サンプル当たりの解析コストは抑えられます。ただし、1サンプル当たりの解析細胞数はその分減少します。
  • BioLegend社のライセンスの都合上 、Totalseq抗体はお客様でご購入する必要があります。

CITE-seq (表面タンパク質検出:オプション)

  • シングルセルレベルで細胞表面タンパク質の検出を行うことができます。
  • 興味ある細胞表面タンパク質が発現している細胞に、抗原特異的な抗体(BioLegend社Totalseq-BまたはC抗体)を反応させ抗体由来ライブラリを作製し、表面タンパク質の発現を解析できます。
  • Loupe BrowserでTotalseq抗体とmRNA由来の発現パターンの比較が可能です。
  • BioLegend社の試薬をお客様にご購入いただき、弊社に送付いただく必要があります。

参考:マルチオミクス解析用試薬 TotalSeq™

解析例

Cellrangerによる解析結果をLoupe Browser 8.0で開いたところ。 Loupe Browser (無償)のダウンロードはこちら。(10x Genomicsのサイトに飛びます)

https://www.10xgenomics.com/jp/datasets/10k-human-pbmcs-stained-with-totalseq-B-human-TBNK-cocktail-GEM-X

※二次解析についてはバイオインフォマティクス解析のページへ

研究事例

シングルセル遺伝子発現解析を使用した様々な論文が発表されています。以下はその一例です。

10x Genomics社について

10xGenomics社は生物医学をさらに前進させ、疾患の理解と治療を変革させるビジョンと共に創立された、アメリカのライフサイエンステクノロジー企業です。10xGenomics社では生物学システムを解明するソリューションを、複雑な生物学に合致する解像度と規模で構築しています。装置、試薬キット、ソフトウェアから構成される製品を拡大し、がん、免疫、神経科学、発生学の研究分野において革新的な発見を可能にします。

10x Genomics社の提供するシングルセルソリューションはこれまでに世界中の多くの研究者に受け入れられ、デファクトスタンダードなプラットフォームとなっています。

料金・納期

細胞種や解析内容によっては、上下することもございます。

受託内容 金額(消費税抜) おおよその納期
Chromium GEM-X Single Cell 3’RNA-seq
(実験+シーケンス+解析)
¥925,000 6週間

組み合わせ方を自由に、必要な工程だけをご依頼いただくことも可能です。

「サンプル調製からライブラリ作製まで」「cDNA合成後から」「シーケンスのみ」など、工程の一部のみの受託も承っております。詳しくはお問い合わせください。

オプション 金額(消費税抜)
出張による新鮮細胞からの実験対応オプション
細胞数が少ない場合や凍結すると生存率が低くなる場合、機器を貴研究室に持ち込み、新鮮細胞からシングルセル化を行います。
お問い合わせください(要交通費実費)
サンプル混合オプション(hasgtag抗体)
複数サンプルを混ぜて解析することが可能です。1サンプルあたりの細胞数は減りますが解析コストを抑えることが可能です。
お問い合わせください
CITE-seqオプション(表面タンパク質検出)
シングルセルレベルで細胞表面タンパク質の検出を行うことができます。
お問い合わせください
死細胞除去オプション
生存率が低いサンプルに対し、FACSによる死細胞除去を実施します。
¥50,000
核抽出オプション
組織や細胞から核を抽出し、シングル核RNA-seqを実施できます。凍結組織の場合はシングルセル遺伝子発現Flexもご検討ください。
細胞:¥60,000
組織:¥120,000

よくあるご質問

シングルセルRNA-seqと、標準的なRNA-seqの違いは何ですか?

標準的なRNA-seqは、全細胞の平均的な遺伝子発現量を検出するのに対し、シングルセル RNA-seqは細胞1つ1つの遺伝子発現量を検出することができます。このことにより、細胞集団、細胞種、細胞状況及びさらに多くの情報を個々の細胞レベルで特性化できます。不均一な試料中における細胞間遺伝子発現変動性を明らかにし、希少な細胞種を特定することで、発生及び疾患における細胞寄与をより明らかに同定できます。

どのくらいの細胞数・遺伝子数を検出することができますか。

最新の10x Genomics社のアプリケーションでは、最大で20,000細胞、3,000遺伝子を検出することが可能です。ただし細胞の種類や状態、シーケンス条件により変動します。

シングルセルRNA-seqでは、どの領域を読むのでしょうか。

10x Genomics社のシングルセルRNA-seqアプリケーションでは、3’領域をシーケンスすることで、シーケンスコストを抑えています。また、レパトア解析に用いられるアプリケーションでは、5’領域をシーケンスします。

どのような検体を提出すればよいですか。

凍結した細胞を、ドライアイスを入れた状態でお送りください。1サンプル当たり、100万細胞、生存率80%以上を条件としています。この条件以外のサンプルを希望される場合は、お問い合わせからご相談ください。

納品物は何でしょうか。

お客様がシーケンスをされる場合、ライブラリーを作製しお送りします。当社がシーケンスをする場合、シーケンス結果のFastqファイルとCell Ranger(解析ソフトウェア)での解析結果のデータをお送りします。

サンプルやデータの保管はどのようにしますか?

納品後、3ヵ月を経過すると廃棄いたします。予めご了承ください。

FACSやCITE-seqなどのオプション実験を追加することはできますか。

可能です。当社ではFACSを始めとした、最新の機器を揃えております。ご希望の実験をお問い合わせからご相談ください。

自分でシーケンスする場合、シーケンスの条件はどのようにしたらいいでしょうか。

10x Genomics社のSingle cell RNA-seqアプリケーションでは、以下の条件でのシーケンスが推奨されています。

リード数:20,000リード以上/細胞
Read 1:28 cycles
i7 Index:10 cycles
i5 Index:10 cycles
Read 2:90 cycles