空間的遺伝子発現解析
- 組織切片から遺伝子発現解析を実施
- 遺伝子発現にH&E染色画像を重ね合わせて解析
- Tissue Microarrayにも対応
空間的遺伝子発現解析では組織切片から、組織上の位置情報を保持したまま、遺伝子発現解析を行うことが可能です。これにより空間的に近接した細胞間の相互作用や組織中の微小環境を明らかにすることが出来ます。
技術によって解析できるサンプル（生物種、凍結/FFPEの別等に依存）や空間解像度、遺伝子発現の検出感度が異なります。
サービスの流れ
サービス比較
Visium HD 空間的遺伝子発現
Xenium in situ
MACSima 多重タンパク質発現解析
ターゲット
- トランスクリプトーム（RNA）
- トランスクリプトーム（RNA）
- タンパク質
解析領域
- 6.5mm x 6.5 mm
- 10.45 mm x 22.45 mm
- 10.45 mm x 22.45 mm
- 最大5mm x 5mm程度を目安
（指定面積合計上限：チャンバー小で50 ㎟、チャンバー中で75 ㎟）
※貼付可能エリアは17mm x 8mm または 17mm x 21.25mm
解像度
- 2um x 2um 正方形、ギャップ無し
- XY方向：30 nm未満
Z方向 : 100 nm未満
- 約0.7µmの細胞解像度
検出方法
- 全トランスクリプトームパネルのそれぞれの標的遺伝子に対するプローブのHybridizationを実施
➡NGSによりFFPE組織中の発現遺伝子を検出
- 組織中のmRNAにプローブをIn Situ Hybridizationを実施
➡ハイブリしたpadrock probeをRCAで増幅
➡蛍光物質のついたプローブをXenium Analyzer で解析
➡ターゲット遺伝子の発現を検出する
- MICS technologyによる多重免疫蛍光染色
➡染色、イメージング、蛍光消去（専用抗体の切り離しや光退色）のサイクルを自動で繰り返すことで、同一切片上で数十〜数百のタンパク質を検出
ターゲット遺伝子数
- プローブ
（ヒト：18,000 遺伝子）
（マウス：20,000 遺伝子）
- プローブ
480遺伝子＋100カスタマイズ
（2024年下旬に5000遺伝子パネル）
- Miltenyi社の提供する検証済抗体（ヒトFFPEおよび新鮮凍結：400以上、マウス新鮮凍結：200以上）から選択、または3rd party抗体
対応生物種
- ヒトとマウス
- ヒトとマウス
（カスタムでほかの生物も可能）
- ヒトとマウスの組織
（※3rd part抗体の場合は対象種を問わない）
対応サンプル（切片の厚さ）
- FFPE (5um) *
- FF (10um) *、
FFPE (5um) *
- FFPE (3µm)、
固定凍結 (8µm)、
新鮮凍結 (8µm)
予備実験及びサンプルＱＣ
- DV200＞30%
- DV200＞30％（推奨値）
（30％以下はリスク高）
viewRNA 等のISHによる事前検討（推奨事項）
- 代表的な抗体（β-Actin等）を用いた事前検証を実施し、切片の剥がれや自家蛍光、染色性を確認（あらかじめスライドを3枚以上準備）
シーケンス
- 2.75 億 ペアリード/解析領域
（切片の解析領域カバー率が100％時）
- –
- –
スライド/ラン
- 2スライド/1ラン
- 2スライド/1ラン
- 1スライド
*
FF: Fresh Frozon（新鮮凍結）
FFPE: Formalin Fixed Paraffin Embedded（ホルマリン固定パラフィン包埋）
FxF: Fixed Frozen（固定凍結）