Visium 空間的遺伝子発現解析

Visiumで解析できるサンプルは？

以下の10x社ホームページに記載がある組織で、Visiumの再現性が確認されています。こちらに載っていない組織でもご委託は可能ですが、結果の保証ができない点について、ご了承いただく必要がございます。

FFPEサンプルの場合

Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE Tested Tissues　10x Genomics社ホームページへ飛びます）

凍結サンプルの場合

Visium Spatial Gene Expression Optimized Tissues（10x Genomics社ホームページへ飛びます）

FFPEの場合、ヒトとマウスの組織で解析が可能です。
FFの場合、

<凍結組織で再現性が確認されている組織>

ヒト

• 健常人検体：小脳、大脳皮質、側頭葉、脊髄、リンパ節、肺、乳房、心臓、腎臓
• 非健常人検体：脳（多形性膠芽細胞腫）、リンパ節（リンパ節炎）、肺（乳頭癌）、乳房（浸潤性乳管癌、浸潤性小葉癌）、心臓（心筋梗塞）、脾臓（膵臓炎）、大腸（大腸がん）、卵巣（腫瘍）、腎臓（腎炎）

マウス

• 健常検体：脳（胎生期E15/E18、出生後P1/P8）、目、嗅球、舌、肺、心臓、胃、肝臓、脾臓、小腸、大腸、大腿四頭筋、腎臓、卵巣、精巣

ラット

• 健常検体：脳、嗅球、心臓、腎臓

ゼブラフィッシュ

• 健常検体：稚魚（10 dpf）

膵臓や骨組織、脂肪を多く含む組織については10x社で再現性が取れていない組織となっております。

Visiumの解像度はどれくらい？

1スポット当たり直径55 µmの解像度で、スポットの中央点は100 µmの間隔で位置しています。 組織種によりますが、1スポット当たり10細胞程度含まれます。

Visiumに使用する凍結ブロックを作成するには、組織にどのような処理が必要？

組織を出来るだけ傷つけないよう、液体窒素上でイソペンタンに浸け急速凍結させ、OCTで包埋してください。詳細なプロトコルはこちらをご確認ください。

なおご委託の際には、以下のご確認をお願いしております。

• OCT包埋後に10 µmの切片10枚を使用し、RNA抽出でRIN値をご確認いただき、7以上あることを確認（規定プロトコルあり）
• HE染色画像を撮影し、組織像に崩れがないか確認

納品物は何でしょうか。

お客様がシーケンスをされる場合、ライブラリーを作製しお送りします。当社がシーケンスをする場合、シーケンス結果のFastqファイルとSpace Ranger（解析ソフトウェア）での解析結果のデータをお送りします。

自分でシーケンスする場合、シーケンスの条件はどのようにしたらいいでしょうか。

10x Genomics社のVisiumアプリケーションでは、以下の条件でのシーケンスが推奨されています。

リード数：(FFPE) 25,000リード以上/スポット
　　　　　(FF) 50,000リード以上/スポット
Read 1：28 cycle
i7 Index：10 cycle
i5 Index：10 cycle
Read 2：(FFPE) 50 cycle
　　　　(FF) 90 cycle

データはどのように保管される？

解析データやお客様のサンプル情報等は納品後、3ヵ月まで当社内で保管しています。3ヵ月を経過すると廃棄しますので、予めご了承ください。