弊社では、弊社または他施設で取得されたバルクRNAシーケンスデータを用いて、データ解析を行います。
| 実施内容 | メニュー詳細 |
|---|---|
| シーケンスからデータ解析まで | こちらのページをご参照ください。シーケンスから標準的なデータ解析まで含むプランのご紹介です。（データ解析の内容は下記の「データ解析のみ」の場合と同様です。） |
| データ解析のみ（解析対象のFASTQファイルがすでに存在する場合） | 下記の受託解析サービス詳細をご参照ください。 |
受託解析サービス詳細
- FASTQファイルをお送りいただきます
- サンプル情報や比較解析内容詳細をご提示いただきます
- 標準解析内容（概要）
- データQC・リファレンスゲノムへのマッピング・定量化
- 次元削減
- クラスタリング（サンプル間のhierarchical clusteringや相関解析）
- 変動遺伝子解析
- Enrichment解析（ヒト・マウスのみ）
上記の解析内容は、生物種・サンプル・データの詳細によって一部実施されない場合があります。詳細は「バルクRNAシーケンス解析受託ハンドブック」中の「定量解析について」（特に定量解析内容概要、解析実施条件、納品物概要、その他の注意点）をご参照ください。
解析パイプラインは随時更新しておりますので、詳細はお問合せください。上記の標準解析メニュー以外でもカスタム解析を実施できる場合があります。また、実施可能な解析内容は生物種やデータの詳細に依存する場合がありますので、事前にお気軽にご相談ください。
解析結果のイメージ
納品物概要
- BAMとBAMインデックスファイル
- サンプル毎の各遺伝子の発現量raw counts（csvファイル）
- サンプル毎の各遺伝子のTPM-normalized counts (csvファイル)
- Gene ID, chromosome上の遺伝子の位置情報、raw counts, TPM-normalized countsがまとまった表 (csvファイル)
- 次元削減結果（PCA/MDSプロット、csvデータファイル）
- クラスタリング解析結果（相関プロット、Dendrogram、csvデータファイル）
- 変動遺伝子解析結果(*)（MAプロット、Volcanoプロット、ヒートマップ、csvデータファイル）
- Enrichment解析結果(*)（GO解析: プロットとcsvデータファイル、Reactome/Hallmark解析: プロットとcsvデータファイル）
(*) サンプル数や解析結果により納品されない可能性のある図表を示しています。詳細は「バルクRNAシーケンス解析受託ハンドブック」中の「解析実施条件」参照。
料金・納期
| 実施内容 | 金額（税別） | おおよその納期 |
|---|---|---|
| データ解析のみ （生物種がヒト・マウスの場合） |
1サンプル：￥5,000
実験からご依頼の場合は無償
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2週間 |
| ヒト・マウス以外の生物種のリファレンス対応 | 1生物種： ￥50,000 | リファレンスデータの確認やお客様とのご相談に追加日数がかかる場合があります。 |
| その他 | 比較パターン数などによって追加費用がかかる場合があります。 お問い合わせください。 |
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注意事項
バイオインフォマティクス情報解析メインページの「注意事項」をご確認ください。